重磅升级 | 时空转录组FF V1.3版本全流程服务即将上线
9月11日，“2024 Omics前沿大会（Future of Omics Conference）”在深圳华大时空中心举行，华大生命科学研究院时空组学首席科学家陈奥在本次大会上，分享了“Stereo-seq V1.3: LEVEL-UP TRUE SINGLE-CELL SPATIAL WHOLE TRANSCRIPTOME PROFILING FOR DIVERSE BIOLOGICAL APPLICATIONS”的主题报告，他在报告中对适用于新鲜冷冻（Fresh Frozen，FF）样本时空转录组FF V1.3版本的7大升级亮点进行了详细介绍。
陈奥介绍到，在保持“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的基础上，升级后的时空转录组FF V1.3版本捕获性能大幅提升，用户友好性显著增强，可助力研究人员轻松获得更多高质量数据，为各种规模的应用提供无与伦比的洞察力。该产品方案目前适配1 cm*1 cm以及0.5 cm*0.5 cm芯片，未来将兼容多尺寸芯片、多染色及多组学应用方案，满足研究人员的多样化需求。
01
捕获基因数显著提升，获得更多高质量生物数据
通过优化时空试剂、酶选择以及探针设计，时空转录组FF V1.3版本捕获效率显著提升。基于同组织相邻切片、相同数据饱和度下，统计了已测试的所有组织样本，Bin20 水平捕获的Median Gene Type提升中位数比例为~149%、Median MID提升中位数比例为~224%。
相同数据饱和度下，Stereo-seq V1.2版本数据和V1.3版本数据捕获到的基因中位数（左图）和MID中位数（右图）的比较（Bin20）。根据研发已测试数据统计。
02
轻松实现Cellbin分析，精细解析基因表达空间特征
基于在Cellbin水平捕获到的更多的空间转录组信息，通过影像识别细胞核的位置，结合算法进行细胞分割，可以进行精确的Cellbin水平分析，更精细地解析基因表达空间特征。
03
样本质量兼容性更高，探索空间转录组更多可能
RIN值的质控要求调整为≥4，允许检测更多长期保存的降解度更高的样本，有助于利用质量较低的样本进行更多的空间探索。
04
有效提升荧光信号强度，更易判断最佳透化时间
透化试剂升级后，可以有效提升透化荧光信号强度，更有利于选择最佳透化时间。
05
“随心所欲”选择同片细胞核/H&E染色
研究人员可在同一张切片上灵活选择ssDNA染色/H&E染色，开展多模态数据分析及挖掘。
06
工作流程更快速便捷，轻松高效完成时空实验
实现部分试剂预混，试剂管数减少，生化流程整体可缩短~4小时，操作更简单流畅，研究人员1天即可获得纯化后的cDNA产物，更快获得无可比拟的空间转录组数据。
07
分析工具强大且易用，完整解析基因表达空间特征
分析软件包括Stereo-seq分析流程软件包（Stereo-seq Analysis Workflow, SAW）和StereoMap。升级后的分析工具安装配置和操作使用更简单便捷，交互友好性更强，可视化能力更丰富，可兼容所有第三方分割算法的结果，助力研究人员轻松完成数据分析，获得独特生物见解，为解析复杂组织结构提供有价值的信息。
小鼠肺组织单细胞微环境图谱绘制
全新升级的时空转录组FF V1.3版本，将继续助力研究人员以单细胞分辨率深入研究细胞基因表达的时空规律，为解析复杂生命进程、对抗疾病提供全新的方向和视角，促进胚胎发育、免疫研究、器官再生、脑科学、肿瘤微环境等研究取得更多成果。
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*本文来源于”华大时空“
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